Pada 11 Oktober 1954, beliau berkahwin dengan Corazon "Cory" Sumulong Cojuangco, dan dikurniakan lima anak:[13]

• Maria Elena (Ballsy, lahir 18 Ogos 1955), berkahwin dengan Eldon Cruz, dengan anak lelaki Justin Benigno (Jiggy) dan Eldon Jr. (Jonty)
• Aurora Corazon (Pinky, lahir 27 Disember 1957), berkahwin dengan Manuel Abellada, dengan anak lelaki Miguel dan anak perempuan Nina
• Benigno Simeon III (Noynoy, lahir 18 Februari 1960), Presiden Filipina ke-15
• Victoria Elisa (Viel, lahir 27 Oktober 1961), berkahwin dengan Joseph Dee, dengan anak lelaki Francis (Kiko), dan anak perempuan Jacinta Patricia (Jia)
• Kristina Bernadette (Kris, lahir 14 Februari 1971), sebelum ini berkahwin dengan James Yap (bercerai pada 2010), dan dikurniakan dua anak lelaki Joshua Philip Aquino Salvador (Josh) dan James Aquino Yap Jr. (Bimby)

Dalam wawancara Jun 1981 bersama Pat Robertson di The 700 Club, Aquino berkata beliau dibesarkan Katolik. Menurutnya, kebangkitan agamanya bermula setelah membaca buku pengarang Kristen Injil, Charles Colson, 1976, Born Again, semasa pengasingannya di bawah rejim Marcos.[14]